Whesker in die Geschehnisse verstrickt ist und im Hintergrund die Fäden zieht. So ist die Anwesenheit von Krauser und Ada unter anderem ihm zu verdanken, da er auf eine Probe des Las Plagas Virus scharf war. Diese bekommt er am Ende ja auch von Ada.
Ansonsten spielt man in Seperate Ways nur die Geschichte von Ada nach, wobei es zum größten Teil eigentlich nur um Leon geht. So war es Ada die ihm mehrfach das Leben gerettet hat, als sie am Anfang die Glocke des Dorfs leutet oder ihm gegen Krauser das Leben rettet.
Spielerisch sind die Kämpfe gegen Krauser und gegen den menschlichen Saddler allerdings absolute Granaten.