Der New Nintendo 3DS und New Nintendo 3DS XL werden über eine stärkere CPU als ihre Vorgänger verfügen. Aus diesem Grund ist es auch möglich, dass das Wii-Spiel Xenoblade Chronicles einen Port auf die New Nintendo 3DS-Modelle erhält. Dieser Port soll sich nicht auf den alten 3DS- und 3DS XL-Modellen, so wie dem 2DS spielen lassen.

Auf der offiziellen Seite zu den New Nintendo 3DS-Modellen gibt Nintendo bekannt, dass sich weitere Software in Entwicklung befindet, die Gebrauch von der stärkeren CPU machen und sich ausschließlich auf den neuen Modellen spielen lassen. Ebenso soll es aber auch einige Titel geben, die von den Funktionen der New-Modelle profitieren sollen, aber dennoch auf den alten 3DS-Modellen spielbar sein werden. Hierzu könnte Monster Hunter 4 Ultimate gehören, welches auf den New Nintendo 3DS-Modellen mit dem zweiten Analogstick spielbar ist.
Weiterhin wurde bekannt gegeben, dass alte 3DS-Spiele trotz der besseren CPU nicht mit einer höheren Auflösung oder besseren Grafiken dargestellt werden.