In einem Gespräch zwischen Satoru Iwata und Tekken-Produzent Katsuhiro Harada ließ er verlauten, dass es ein Ziel war, dass Tekken 3D: Prime Edition kontinuierlich mit 60 FPS laufen soll. Im Online-Modus sei dies allerdings nicht flüssig möglich zusammen mit dem 3D-Effekt.
Daher wird der Online-Modus des Titels nur in 2D spielbar sein. In allen anderen Modi seien aber sowohl in 3D als auch in der 2D-Ansicht 60 Bilder pro Sekunde gegeben. Zum Vergleich laufen sowohl Street Fighter als auch Dead or Alive auf dem Nintendo 3DS im 3D-Modus nur mit 30 Bilder pro Sekunde.

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